A Assistência Militar do Egrégio Tribunal de Justiça Militar do Estado de São Paulo tem sua origem marcada na data de 08 de abril de 1949, quando o seu então Presidente Juiz Coronel José Anchieta Torres editou o Regulamento Interno do Tribunal de Justiça Militar.
No então RITJM de 1949 inseriu-se em seu corpo a criação da Assistência Militar, diretamente subordinada ao Presidente do Tribunal, sendo então o órgão encarregado da administração do efetivo militar em serviço na Justiça Militar.
Como primeiro Assistente Militar o Capitão Paulo de Andrade Corrêa permaneceu á frente da Assistência Militar de 02 de janeiro de 1948 até 07 de abril de 1949 e após a edição do novo RITJM e constituição da Assistência Militar de 08 de abril de 1949 até 07 de janeiro de 1952.
O cargo de Assistente Militar deveria ser exercido por Capitão ou 1º Tenente do serviço ativo da Força Pública, mantendo-se até hoje como cargo privativo de Capitão PM.
Com o advento da Lei N.º 2.939, de 28 de dezembro de 1954, reforçou-se a figura do Assistente Militar, Capitão ou 1º Tenente da Força Pública.
Desde os seus primórdios incumbe à APMTJM acompanhar o Presidente em cerimônias cívicas, recepções ou quaisquer outras solenidades de caráter público ou particular.
Incumbe à APMTJM atender todos os serviços de representação que lhe for determinado pelo Presidente, além de atender e receber as autoridades civis e militares, estrangeiras, federais ou estaduais, que procurem o Presidente.
Além das atribuições de origem cabe à APMTJM exercer a segurança física das instalações do Tribunal de Justiça Militar, originariamente somente o Prédio Sede e atualmente também aos dois novos prédios do TJM, Contabilidade na Rua Maria Antonia e Arquivo Geral na Zona Norte da Cidade de São Paulo.
A APMTJM ao longo de sua existência tivera diversas denominações, porém manteve sua incumbência originaria até os dias de hoje.
A mais moderna denominação APMTJM adveio do Decreto N.º 39.269 de 23 de setembro de 1994.
No ano de 1998 a APMTJM completou seu cinquentenário frente ao Tribunal de Justiça Militar.
A APMTJM conta no ano de 2014 com 66 anos desde sua criação.