En la ecorregión del Chaco Húmedo, el Parque Nacional Río Pilcomayo es un mosaico de ambientes naturales. En él se alternan sitios bajos inundables en los cuales hay esteros, cañadas y lagunas, con sitios que permanecen anegados durante una corta temporada donde se desarrolla el pastizal con palmeras caranday, y además, sitios altos bien drenados, donde se desarrollan bosques (isletas de monte en medio del pastizal) o bien selva en galería (en los albardones del río Pilcomayo).