El 7 de junio de 1957 se funda el Museo Provincial de Santa Cruz por medio del Ministerio de Asuntos Sociales y bajo la dirección del Padre Manuel Jesús Molina. En el año 1983 en homenaje al Padre Molina, por su labor, dedicación y contribución en la investigación y resguardo de los bienes culturales y patrimoniales de Santa cruz, el Museo es renombrado "Museo Regional Provincial Padre Manuel Jesús Molina".
El establecimiento que resguardaba el Patrimonio histórico y Cultural, se ubicó en diferentes lugares de la Ciudad de Río Gallegos. El primer sitio fue la Casa de Gobierno,luego se traslada al edificio en la intersección de calles Tucumán y Belgrano, también residió en las instalaciones de Perito Moreno al 45 y finalmente el 27 de Octubre de 1997 se crea el Complejo Cultural de Santa Cruz, donde se establece el Museo hasta su actualidad.