El Nivel Superior del Instituto San José consta de dos carreras, el Profesorado de Educación Inicial y el Profesorado de Educación Primaria. Fue fundado en 1982 por las Hermanas Pobres Bonaerenses de San José respondiendo a la necesidad de formación de docentes cristianos. Se encuentra en el Hogar San José donado en 1889 por León Gallardo a la Madre Camila Rolón, fundadora de la congregación, para recibir niños huérfanos. Actualmente el Instituto San José es el único que forma docentes católicos en la diócesis de San Miguel.